Un mois s’est écoulé depuis le festival culturel du lycée et Haruhi Suzumiya a déjà un autre projet d’envergure pour la brigade SOS : organiser une fête de Noël dans la salle du club ! Déguisements sexy et fondue japonaise seront bien entendu au menu. Mais quelques jours plus tard, alors que les membres de la brigade s’attèlent à préparer la fête, un évènement étrange se produit. Haruhi manque soudainement à l’appel et toute la classe semble avoir oublié jusqu’à son existence... À l’exception de Kyon qui va tout faire pour retrouver son amie. Mais la disparition de Haruhi Suzumiya semble résulter de phénomènes spatio-temporels des plus inquiétants...